Puedes cambiarla a cualquier parte, solo recuerda crear el directorio virtual desde el IIS apuntando a la nueva ruta y si creaste un proyecto con el VS también hay que modificar el archivo
.webInfo que tiene algo como ésto:
Cita: <VisualStudioUNCWeb>
<Web URLPath = "http://localhost/nuevaRuta/proyecto.vbproj" />
</VisualStudioUNCWeb>
Y ahi modificas el nuevo nombre que asignaste en tu directorio virtual, posteriormente abres tu proyecto (no la solucion) para que se guarde dicha referencia.
Salu2