Yo lo que hago en esos casos es realizar la composicion en photoshop, y una vez terminada, exporto todas las capas, pero eso si, una por una como una foto o archivo independiente. Especificamente las exporto en formato png.
luego en flash las guardo en la libreria, y unifico toda la composición alli con todas las fotos separadas en capas.
Es un poco tediosa la tarea, pero es una manera efectiva de realizarlo ya que de por si photoshop no exporta las capas directamente a Flash.