Qué software estás utilizando para convertirlo?? Te recomiendo que uses premiere y que pongas el video que quieres convertir del tamaño original... pero en otra capa, más abajo, pongas una imagen en negro para que se vea la parte negra. O si no, aumenta el clip de tamaño dentro de la ventana para que cuando exportes el video final quede cortado...
Además en premiere tienes la opción al exportarlo de cortar el video... cuando lo exportes busca en las opciones.. ahi viene algo así como "crop".
Te invito a que visites mi sitio, ahi estan algunos videoclips, y muchos venían así, yo opté por poner la placa negra en el layer de atras.
Saludos
http://estamosenvideo.com
juancarlos orozco