Hola a Todos:
He dado con la solución. El problema es que el tamaño del buffer del response es por defecto de 8192, por lo que hay que aumentarlo. Para realizarlo existe el método setBufferSize(int nuevoTamano), con lo que poniéndolo delante del método setContentType, con el nuevo tamaño, se soluciona el problema. por ejemplo:
response.setBufferSize(65536);
response.setContentType("txt/plain");
%><%=request.getAttribute("fichero").toString().tr im()%><%
response.setHeader("Content-Disposition", "attachment;filename=" + nombreFichero);
No intentéis restablecer al buffer a 8192, ya que cortaría el contenido del txt.
Gracias a todos