La solución sería "partir" la tabla. Lo que te pasa a ti es muy comun cuando las tablas son muy grandes
Lo que puedes hacer es exportar en un archivo del registro 0 al 2999, en otro del 3000 al 5999, etc... luego los subes uno a uno pero con cuidado para no cargarte nada, es decir, en el primero puedes poner la sentencia que te crea la tabla y añadir los primeros 3000 registros, pero en los demás ya sólo tienes que añadir registros pues la tabla ya estaba creada.
Suerte
