En principio se refiere al servidor que corre el MTA que envia el e-mail .. Es decir .. el servidor SMTP (o sendmail o el que use) para enviar el e-mail .. Es ese quien procesa en última instancia las cabeceras que le indiques para montar el e-mail.
Como "suele" coincidir que el MTA (Mail Transfer Agent) que usa PHP para enviar el e-mail está en el mismo Servidor (bajo el mismo S.O.) .. Te puedes guiar en el S.O. que está corriendo PHP para usar el "\n" o "\r\n" según el S.O. de este.
De hecho .. classes como la conocida "PHP Mailer" (
http://phpmailer.sourceforge.net) tienen encuenta todo esto para formar el e-mail deacuerdo al S.O. que se ejecuta.
Un saludo,