Ni idea, nunca he usado ese programa
Pero no creo que sea por configuración del codec... Puede ser que al capturar el video, por falta de potencia de tu PC se pierdan frames por el camino (sería normal dado que capturas a una resolución bastante alta) y esos frames perdidos hacen que luego el audio se desincronice... ¿quizá capturando a resoluciones menores se solucione?