ok... no puedes llamar desde PHP a una función de JavaScript... pero sí puedes generar el HTML/JavaScript que lo haga:
Al final del HTML generado (antes de </body>) escribes con PHP tantas llamadas a la función MarcaChecbox() como sea necesario.
Código PHP:
echo "<script language='JavaScript'>\n";
foreach($array_checks as $nombre_check){
echo "MarcaChecbox($nombre_check);\n";
}
echo "</script>";
Saludos
