Hola chcma, gracias por la aclaración. He buscado en codeproject y he visto esto:
http://www.codeproject.com/csharp/ReadWriteXmlIni.asp
Aunque la clase está escrita en C# no hay ningún problema, ya que sólo tengo que añadir la referencia en el proyecto. Luego realmente, el código para modificar el archivo de configuración son sólo dos líneas y que la única diferencia es casi el punto y coma de cada línea.
En cuanto la pruebe te comento el resultado.
Gracias de nuevo.
Un saludo.