Si estuviéramos hablando de GNU/Linux, sería sencillísimo, ya que puedes montar la imagen ISO como si de una unidad de disco más se tratara, y podrías navegar por su estructura de directorios de manera totalmente transparente, borrando, modificando, y copiando los archivos que te diera la gana con el programa que te diera la gana. Pero para Windows... ni idea.