Hola virpas.
En principio puedes poner el código JavaScript en cualquier parte, pero yo creo que queda más claro si lo colocas todo en la sección <head> salvo que tengas que escribir algo (<script>document.write('lo que sea')</script>), entonces hay que ponerlo en el lugar donde se quiere que escriba.
Aunque supongo que para esto habrá opiniones para todos los gustos.
Saludos,
