Hola
Si la función de JavaScript es llamada desde dentro del flash, el navegador la reconoce como una ventana no solicitada por el usuario, para que todos (o la mayoría) los anti popups la reconozcan bien, debe ser abierta como consecuencia de un clic del usuario en un <a href>, es decir, un vínculo.
Y por cierto, no es ahogarse en un vasode agua, tampoco es una restricción de Microsoft, es una petición del público ante la avalancha de poups molestos desde hace años y buscar la solución para las páginas que requieren esta mecánica.
;)
Felicidad