Webconfig + Seguridad

[Holden]

Hola gente, tengo el siguiente problema espero que alguien de uds pueda ayudarme.
En el hosting donde debo subir una aplicacion es ley poner el webconfig y el directorio BIN en la raiz del site.
Ahora bien mi aplicación tiene una sección o sub aplciacion donde los usuarios tiene que autenticarse via forms.

Como puedo hacer si el webconfig esta en el raiz, que solo use webform authentication en el directorio "suscriptores".

Desde ya gracias.