En el foro de Javascript te orientarán al respecto ..
Lo que corresponde a PHP simplemente es:
Código PHP:
<?
if (condicion){
?>
<script languaje="javascript">window.open(.........)</script>
<?
}else{
// otra cosa ...
}
y será el código de tu página que abres en el popup la que contenga el javascript necesario para cerrarse a X tiempo .. De hecho, repasa las FAQ's del foro de javascript por qué ahí creo que tienes un ejemplo de ese tema concreto ..
Un saludo,