Hola
Si te refieres a "ventanitas" que parecen no tener la barra ni los bordes, o efectos similares, te diré que no son realmente ventanas, al menos en los casos que yo he visto.
Suelen ser capas con cierto diseño para lograr la estética de una ventana.
Como referencia inicial, te diréque deberás utilizar etiquetas <div> para este efecto, así como configurarles el Z-index.
Felicidad