Si te refieres a proteger la propiedad intelectual de tu código PHP .. tienes algunas soluciones:
1) Ofuscar el código, .. esto hará mas o menos ilegible tu código pero igualmente será ejecutable.
Ejemplo . .puedes usar:
POBS
http://pobs.mywalhalla.net/
2) Usar un "encoder" para PHP .. esto requiere de un módulo instalado en el servidor, así que eso será requisito (que lo instalen y compren las licencias) del servicio de hosting/cliente que le vendas/cedas la aplicación.
Ejemplo ... Zend Encoder
http://www.zend.com/store/products/z...coder.php?home
Con respecto a tu BD Mysql .. puedes crear usuarios con ciertos permisos sobre tu BD .. pero si le das la contraseña/usuario que usan tus scripts de PHP a tu cliente no vas a poder hacer nada al respecto, tan sólo hacer/implementar procesos de respaldos (backups) de tus BD automáticos para evitar "desastres" (robos, errores .. etc).
Un saludo,