La verdad lo que te voy a decir no creo que te sirva de mucho, ya que los dados estan echados y en movimiento.
Pero para la proxima, antes de ponerte a hacer modulos, planifica.
Todo sistema debe ser administrado. TODO.
Por lo tanto, creo que no es sano programar toda una aplicacion y al final preocuparse de la administracion.
La administracion de los datos y la administracion de la seguridad, de los permisos y de los roles, debe ser abordada a la hora de definir la base de datos y nunca despues.
Creo que lo mas importante de un proyecto es la arquitectura y no el codigo en si.
Los sistemas no son pedazos de codigos tirados sobre el servidor.
De ahi el nombre SISTEMA, ya que son un arreglo de funciones que integrados forman un todo.
Eso creo yo.