Podrías usar la función:
set_time_limit()
www.php.net/set_time_limit
En ese escript concreto que requiera màs tiempo de ejecuciòn. Si lo usas a 0 (cero) .. serà = a .. lo que dure en ejecutarse ese script. Usa "0" con cautela ... por eso te recomiendo esa función para que sólo afecte a la ejecución de ese script en concreto ni a todo lo que corras en ese servidor ...
Un saludo,