Puede ser que no hayas diferenciado la parte de codigo que se ejecuta en el servidor PHP (que debe ir entre los simbolos <? ?>) y la parte del código que se ejecuta en el cliente, en este caso Javascript.
Según lo que has escrito, debería ser así.
Código:
<?
$query = "insert into bitacorad(Campos) values ('valores')";
$res=mssql_query($query);
?>
<SCRIPT>
window.open('confirma.htm','Confirmación de inserción de datos','width=400, height=250, top=100, left=200, toolbar=0, status=0, scrollbars=0');
</script>