Yo lo acabo de hacer asi,
copialo tal cual en un nuevo documento php.
Código PHP:
<?
$_SESSION['Vari']="Hola Mundo!";
?>
<html>
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<script language="JavaScript" type="text/JavaScript">
<!--
function Alerta()
{
var Alerta='<? echo $_SESSION['Vari']; ?>';
alert(Alerta);
}
//-->
</script>
</head>
<body onLoad="Alerta()">
</body>
</html>
Ojala sea lo que andes buscando.
Saludos