es como dijiste, en la carpeta CGI-BIN debes colocar los script como por ejemplo uno que sea miscript.pl, y también debes colocar el archivo TXT que almacena el contador...
Ahora bien desde tu html le haces el en lace como
www.dominio.com/cgi-bin/miscript.pl
Si ti funciona en la PC y no en tu hosting lo más probable es que en tu PC uses windows con lo cual no debes darle permisos al archivo pero si en tu servidor tienes linux debes darle permisos de escritura al archivo chmod766...
Espero que sea eso y lo puedas solucionar, sino avisame que probamos con otra cosa
Saludos