Hola,
pues igual que si quisieses ejecutar una consulta select o una insert,...: 
1º Conectar con el servidor de BD
       $con = mysql_connect(servidorBD,usuario,clave); 
2º Seleccionar la bd
       mysql_select_db(nombreBD,$con) 
3º Crear consulta
       $consulta = "create table nombre ..."; 
4º Ejecutar la consulta
       $res = mysql_query($consulta,$con) 
5º Comprobacion de la ejecucion de la consulta ha sido OK
       if(!res) mostrar mensaje de error 
6º Solo si consulta es select -> obtener resultados
       while($fila = mysql_fetch_array($res))
       {
         ...
       } 
7º cerra conexion con servidor BD
       mysql_close($con) 
un saludo,  
