Lo más simple es que insertes tus nuevas "líenas" a tu archivo al final y sea cuando lo leas (con tus rutinas) cuando lo leas en orden inverso ..
De todas formas .. si quieres hacerlo así .. abre el archivo con file() .. con eso leeras el archivo hacia un array, usa array_reverse() (para darle la vuelta al array) y array_push() para añadir un elemento al final del array .. para luego volver a darle la vuelta con array_reverse() (ahora no recuerdo si hay función para insertar un elemento al array al principio .. de todas formas .. revisalo tu mismo:
www.php.net/array)
Cuando tengas tu array final creada .. lo vuelvas a tu archivo con fopen() (abriendo el archivo en modo escritura) .. y un bucle que lea tu array (foreach()) para ir haciendo tus fwrite() de cada elemento sobre el archivo (y su fclose() fuera del bucle para cerrar el archivo ...)
Un saludo,