utiliza un programa llamado "DelPart" te elimina todo tipo de particiones sin importar q tenga...
Nota: no te recomiendo q administres particiones desde el asistente de instalacion de windows (eliminar, modificar)
Otra Nota: inicia DOS y ejecuta Delpart borra todo tipo de particion existente (bueno,... la q desees) y lanza de nuevo la instalacion de windows... cuando llegue a el punto de "donde vas a instalar el SO" le indicas q en el espacio no particionado (el unico q te saldra) y él automaticamente creara particion, formateara (te preguntara q sistema de archivos prefieres) y comenzara a instalar!
Otra nota mas: pondre el programita aqui para q lo descargues!
http://es.geocities.com/cabezadeloco6/DelPart.zip