Poner una variable a nulo...

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bueno, el significado de NULL es en realidad NADA, osea si es una variable de tipo String, pues con la instruccion if (empty($apellido)) $apellido = NULL; le estas diciendo al compilador, "si no tiene nada, pues ponle nada", osea, no tiene mucho sentido.

Ahora, si quieres que inserte en tu Base de datos una variable NULL, pues lo esta haciendo, inserta NADA osea "", si quieres que te aparescan las letras N-U-L-L, pues vastaria con poner

if (empty($apellido)) $apellido = "NULL";

saludos