Si, queda claro .. estás haciendo un "crop" (que llaman los programas de diseño).
En ese caso .. tal vez tendrías que usar:
imagecolorallocate()
http://www.php.net/manual/en/functio...orallocate.php
para definir una "mascara" del color que tu quieras y desde ahí seguir el proceso que tienes actualmente ...
Fijate en los ejemplos de los usuarios de esa función en el manual oficial de PHP ..hay ejemplos interesantes que tal vez te sirvan.
Un saludo,