Vamos por partes ..
* ¿Sabes hacer consultas SQL condicionales a tu BD .. de la cual no dices la que usas concretamente: Mysql, otra?
Si no es así .. te recomendaría leer manuales de SQL:
www.mysql-hispano.com
Debes usar consultas SQL tipo:
SELECT * FROM tabla WHERE campo1='$campo1' AND campo2='$campo2' ... etc ..
Para luego usar funciones como (para Mysql ..):
mysql_num_rows() para ver que numero de registros arrojó tu consulta a tu BD .. Ahí esperas o 0 o 1 . .nada más.
www.php.net/mysql
El e-mail de "confirmación" ... no dices si ya sabes usar la función mail() o no .. en tal caso:
www.php.net/mail
Al crear tu registro, usa un campo extra tipo "flag" para indicar si ese registro está validado o no .. en principio debe crearse en tu "INSERT" a tu BD como "no validado", para que al validarse .. lo puedas pasar de estado ..
Bajo la misma filosofía .. en tu "login" al sistema una de las comparaciones extra será ese campo para la consulta SQL condicional que tendras que hacer bajo ese "usuario y contraseña" .. ahora añadiras...y si está "validado".
Para enviar esa "confirmación" tendrás que enviarlo en HTML para poder meter un link ahí "clickeable". En ese link vas a "apuntar" a un script tuyo que va a realizar la validación tipo:
http://www.tal.tal/validar.php?codigo=86asdf76df
Ese "código" lo puedes generar con una función de una FAQ que veras en este foro PHP.
Tu .. "validar.php" lo que hará es pasar ese "flag" del estado "no confirmado" al "confirmado" bajo un "UPDATE" a ese campo bajo la condición de ese "Código" que has guardado en ese registro al crearlo.
Como veras no es complicado .. pero si laborioso . así que tendrás que ir centrandote en lo que sabes y lo que no sepas . .con algo más "claro" preguntas en el foro .. La ideal general ya la tienes ...
Un saludo,