me parece que la mejor opcion seria escribir un codigo que vaya creando la tabla a medida que va leyendo los registros, ejemplo:
Código PHP:
$i=0;
echo "<table>";
while($row=mysql_fetch_array($query)){
if($i==0){
echo "<tr><td>".$row["campo"]."</td>";
$i++;
}else{
echo "<td>".$row["campo"]."</td></tr>";
$i=0;
}
}
if($i==0){
echo "</table>";
}else{
echo "<td> </td></tr></table>";
}
no probe el ejemplo pero es simplemente para que te des una idea de como podrias solucionar tu problema.