estas completamente seguro que cuando le dijiste la compatibilidad para discos grandes le dijiste que si???
se me ocurre que quizás en las primeras preguntas que te hace el fdisk pregunta si quieres usar el 100% del disco quizás indicate en vez de 10000, 1000 (te falto un cero)...
si tienes problemas con el reconocimiento de gigas quizás puedes bajarte el disk manager del fabricante de tu disco duro (visita la web), te crea un disco de inicio con opciones de formateo a tu disco, este si debe reconocer el modelo y te indica cuantas particiones y de que tamaña quieres cada una. De preferencia anda a las opciones avanzadas.
Saludos.