El tema de guardarlo en un Array es para que el usuario tenga una vista preliminar antes de enviar la Info, y el tema de que no envio los checkbox es que cuando no esta seleccionado y lo selecciono la info del checkbox no la recupero ya que el Form no lo pasa por el if ( ) calculo que sera por eso
Código PHP:
if ($CODCAF != $dosTFA ){
echo '<input type="checkbox" name="$DOCCOD" value="$CODCAF">';
}else{
echo '<input type="checkbox" name="$DOCCOD" value="$CODCAF"checked >';
}