Saludos.
En primer lugar ese campo "fecha" debería ser tipo DATE. Debes corregirlo
luego:
Código PHP:
$fecha_creacion = $fecha; //esta es la que viene de tu DB
list( $ano, $mes, $dia ) = split( '[/.-]', $fecha_creacion );
$fecha_hoy = date("Y-m-d");
$fecha_diferencia = floor(abs(strtotime($fecha_hoy) - strtotime($fecha_creacion))/86400);
if ($fecha_diferencia > 90) {
/* haces el update de ese registro */
}else{
echo "Registro dentro del parámetro";
}
Claro, esto debería estar dentro de un WHILE que va recorriendo tu tabla "REGISTROS" en donde se encuentra la fecha de creación.
Suerte