Usa comillas para los indices de arrays (como lo es $_POST)
$uno=implode(", ", $_POST['municipio']);
$dos=implode(", ", $_POST['departamento']);
Por lo demás .. ¿ El problema te sucede cuando no seleccionas ninguna opción o sólo una .. o con cualquier n°?
Intenta hacer un:
Código PHP:
<?
echo "<pre>";
print_r($_POST);
echo "</pre>";
?>
Para ver que valores (y de que tipo) llegan a tu script .. deberían ser arrays.
Un saludo,