Es sencillo de hacer siempre y cuando los dos audios duren exactamente lo mismo, como no sea así vas a tener desincronización, y tendrías que meterte con un editor de audio para ajustarlo...
Con virtualdubmod (
http://prdownloads.sourceforge.net/v...e.zip?download) abres la peli original, en el menú video marcas "Direct stream copy", y vas al menú Streams -> Stream list. Ahí haces doble click encima del audio actual para deshabilitarlo. Pulsas en ADD y añades el nuevo audio (debe estar en formato MP3). Si te da un aviso de que el audio es VBR, dale que NO (esto es importante). Ahora te vas al menú File -> Save as... y lo guardas, con otro nombre para no sobreescribir nada.
Saludos