Bueno, ya encontré una solución. En el web.config del directorio principal he unido los dos tipos de formularios en los que hay que autenticarse:
Código:
<authentication mode="Forms">
<forms name="visado_vs_2003" loginUrl="Login.aspx" path="/">
</forms>
<forms name="ccaa_authorization" loginUrl="ccaa/ccaa_login.aspx" path="/">
<credentials passwordFormat="Clear">
<user name="usuario1" password="contra1"/>
<user name="usuario2" password="contra2"/>
<user name="usuario3" password="contra3"/>
<user name="usuario4" password="contra4"/>
</credentials>
</forms>
</authentication>
Así, para cada aplicación, esté donde esté, se tienen unos credenciales y una página de registro distinta.
No sé si es la mejor solución, pero al menos está funcionando.
Gracias y un saludo.