Hola otra vez:
Los enlaces también varían, ya que en los iframes los enlaces se deberían hacer con el atributo target... (creo que target="_top") y con los includes y ficheros js no serían necesarios...
los contenidos serían más o menos así:
para include:
<a href="destino.php" >destino</a>
para los js:
var contenido = '<a href="destino.php" >destino</a>';
window.write(contenido);
y para un iframe:
<html><body><a href="destino.php" target="_top">destino</a></body></html>
No estoy muy seguro sobre el target...
Saludos