Revisa estos tutoriales ..
http://www.zonaphp.com/index.php?mod...ion=tema&id=14
Se trata de usar "Motores de templates" .. es decir .. para que separes tu "lógica" de la "presentación" completamente definiendo plantillas con zonas que se repitan de las mismas (bloques ..), etc.
Eso, en conjunto con la técnica de "web modular" que en esa misma web en otro artículo veras es lo que creo que andas buscando.
Por otro lado .. si vienes de JSP y Java en general .. te vendria bien visitar el sitio:
http://www.phppatterns.com/
Ahì veras mucha teorìa para implementar en PHP sobre temas de Programaciòn Orientada a Objetos, Modelos "vista" - "controlador" .. y demás temas relacionados. Todo enfocado a su implementaciòn en PHP.
Un saludo,