Hola fedexx:
 
Primero hay que calcular cuantos milisegundos hay en 3 horas: 3 x 60 x 60 x 1000 = 10800000 (Lo calculé a ojo, pero se puede calcular con javascript...  
 
Y luego tienes que usar en el body algo así:
<body onload="setInterval('popup()', 10800000)" ... > 
Y la función popup con el window.open() 
Saludos