Hola,
Cita: "para PHP es transparente el uso de SSL".
Muy sencillo. SSL solo encripta la comunicacion entre el navegador y el servidor. Y el servidor le pasa a PHP los datos ya desencriptados. PHP recoge esos datos de la misma forma que en una conexion normal. Luego el servidor vuelve a encriptar lo que devuelve PHP hacia el navegador.
Y si te preocupa de verdad la seguridad, tambien estaria bien un servidor dedicado (sin vecinos) administrado por un administrador de servidores con experiencia.
Saludos.