aah.. ok, yo siempre usé esto:
<div id="todo">
<div id="cabecera">
<?php include('cabecera.php'); ?>
</div>
<div id="contenido">
<?php include('archivo.php'); ?>
</div>
<div id="pie">
<?php include('pie.php'); ?>
</div>
</div>
pero todo estaba acomodado con capas.
saludos