(no uso Smarty:
http://smarty.php.net) .. pero en general .. el trabajo con "motores de templates" se basa en que generes desde PHP la "plantilla" dinámicamente si es que esta contiene partes que son repetitivas definiendo "bloques" y llamarlos para ir generando las partes que compongan la plantilla.
Creo que Smarty puede incrustrar código PHP directo .. (no sé como) pero .. no es la idea si usas un motor de "templates" deberías usarlo para todo .. eso te implica en tu caso modificar tu actual rutina que genera su salida probablemente ya .. para que use "smarty" y tus plantillas o definición de bloques más pequeños que requieras.
Un saludo,