No, .. significa que los arraglos (arrays) de javascript NO los vas a "cargar" con PHP sino que a lo sumo generas el código "javascript" que corresponda para definir ese array con esos N elementos.
Consiguete un ejemplo en Javascript "puro" de lo que necesitas (en el foro de Javascript y sus FAQ's te podrían orientar) . .cuando lo tengas .. vemos forma de que PHP gener el código que se repita .. es decir . .ese "array" que para PHP será cosa de hacer algo tipo
Código PHP:
// etc ...
$x=0;
echo "<script languaje=\"javacript\">\n";
echo "var array=array()"; // esto puede no ser correcto . .pero por ahí va la idea ..
while ($row=mysql_fetch_array($resultado)){
// aquí vas generando las líneas de tu "código javascript"
echo "array[$x] = '<? echo $row['dato'] ?>';\n"
$x++;
}
// etc
Si dices que tienes "1000 registros" .. sin contar las combinaciones que te van a salir cuando metas las 3 tablas por médio .. Te recomiendo que veas el tema de "Remote Scripting". Son muchos datos para manejarlos sólo con javascript ..
Un saludo,