Yo inserte el siguiente swf en una pagina php y no tube ningun problema.
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=6,0,29,0" width="160" height="146">
<param name="movie" value="miarchivo.swf">
<param name="quality" value="high">
<param name=""wmode" - "transparent"" value="">
<embed src="miarchivo.swf" quality="high" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="160" height="146"></embed></object>
Compara este codigo con el tuyo.Recuerda insertarlo dentro del body del html y no interferir en el codigo php.