Puedes intentar una cosa. En ese mismo Merge & Cut, añade el nuevo SVCD ya unido, en el Type eliges el de MPEG-2 SVCD, eliges un fichero distinto para la salida y das a Run. Como verás no te he dicho que selecciones ningún tiempo. Y ahora a esperar... Eso te hace una demultiplexación, multiplexación y reconstrucción de cabecera en un sólo paso
Prueba el nuevo MPG a ver si ya funciona bien... Y si no lo hace, sólo te puedo sugerir que uses el Easy Video Splitter y Easy Video Joiner para dividir y unir los MPG, no suelen fallar tanto como el TMPGenc.
Saludos