No acabas de entender, el HTML y el JavaScript son codigos que se ejecutan n el cliente, por tanto, en un ambito muy, pero muy diferente a los lenguages del servidor como PHP, JSP y Servlets, por ello es que estos jamas pueden verse para interactuar directamente, solo puedes pasarles parametros al servidor desde una pagina, para que mediante ellos sepa que hacer.
por ejemplo, para hacer lo que te digo yo debria ser algocomo esto
Código PHP:
<script language="JavaScript">
function llamarMetodo() {
var id = document.formulario.combo.value;
location.replace("esta_misma_pagina.jsp?id=" + id);
}
</script>
<%
if(request.getParameter("id") != null) {
tuMetodo();
}
%>
<body>
<form action="quien_sea.jsp" method="POST" name="formulario">
<select name="combo" onChange="llamarMetodo()">
<option value="2">Algo</option>
.
.
.
</select>
</form>
</body>
Saludos