El "Cron Job" es una aplicación/utilidad de tu sistema operativo Linux .. No describes si usas un servicio de hosting o usas tu PC (con Linux como S.O.) pero es muy importante que lo definas.
En un servicio de hosting .. los "Cron Job" se definen en tu panel de control (si es que tienes esa opción) .. si no tienes esa opción tendrás que consultar a tu proveedor.
Sobre el desarrollo de tu script PHP para ejecutarlo bajo un Cron Job debes usar (recomendable aunque no necesario) diseñar tu script para funcionar como CLI (Command Line Interface). Pero, .. también podrías hacer una llamada desde tu Cron Job a tu script PHP tipo:
GET
http://www.tal.tal/script.php >/dev/null
Es decir .. "simular" (con GET) una llamada a tu página por el "URL" como si de un navegador cualquiera se tratase y "alguien" que visite ese URL ejecute tu script. De esta forma no tienes que cambiar nada sobre la programación de tus scritps PHP que ya haces habitualemnte .. pero, por supuesto es más "optimo" intentar hacerlo por "CLI" que no por "HTTP" la llamada al script.
Un saludo,