Hola:
Suponiendo que el fichero que tienes es de la forma
usuario contraseña_sin_cifrar
y se llama lista.txt y suponiendo que lo hagas en linux el siguiente script funcionaría:
while read LINEA
do
USU=$(echo $LINEA cut -f1 -d" ")
PASS=$(echo $LINEA cut -f2 -d" ")
htpasswd -b /ruta/al/fichero_htpass $USU $PASS
done <lista.txt
dns.bdat.net