Hola Mamachicho, no consigo hacerme una imagen mental de tu Web pero creo que se lo que te está ocurriendo. Tienes una tabla para el "menú" y el "contenido" con una celda para cada cosa en la misma fila, ¿no? lo que tienes que hacer es meter otra tabla de una única celda dentro de la celda donde ahora tienes el menú. Dentro de esta nueva tabla metes el menú y alineas dicha tabla arriba de la celda que la contiene.
Seria algo así:
<html>
<head>
</head>
<body>
</body>
<table width=100% height=100% border=1>
<tr>
<td valign=top width=120>
<table width=120 height=300 border=1>
<tr>
<td valign=top>
MENU
</td>
</tr>
</table>
</td>
<td valign=top>
CONTENIDO
</td>
</tr>
</table>
</html>
Espero que te sirva, saludos