Cita: ¿ Existen funciones en PHP que me permitan capturar los datos directamente de los puertos seriales?.
No, .. si te refieres a los puertos de un PC "cliente" .. PHP no puede acceder a ellos, recuerda que PHP es un lenguaje de programación que se ejecuta en el servidor. Lo que si que existen ActiveX por ejemplo para poder hacer eso (que corren del lado del "cliente"). Usa google: ActiveX serial port .. veras muchos.
Cita: Otra pregunta fuera de contexto, ¿La función Mail que se utiliza para enviar correos por medio de PHP funciona independientemente del receptor de correos, me explico; pudiera enviar datos con esta función a correos que se leen con Lotus Notes o es independiente de la herramienta que se utilice para su lectura?.
El envio que haces al usar la función mail() es exactamente igual que si usases un cliente cualquiera de e-mail para realizar el envio de tu e-mail. De hecho no es PHP quien "entrega" el e-mail en sí sino el el servidor SMTP (o MTA en general que gestione el envio) instalado en tu servidor o configurado PHP para que lo use.
Por ende da igual el cliente de correo que lo recepcione, lo podrá leer.
Un saludo,