Si PHP corre en el servidor que ha de ejecutar esas "ordenes" (comandos en la "shell" del S.O. de ese servidor) .. tan sólo debes usar las funciones del tipo:
exec() .. system() y afines
Eso sí, recuerda que PHP cuando sale al S.O. con esas funciones .. toma el usuario que corre este, ya sea (dependiendo de la configuración e instalación de PHP) el que corre tu servidor HTTP (Apache o el que uses y usuario asignado si lo instalastes como módulo) o bien si corre PHP como CGI .. el que use. Este tipo de usuarios no tiene permisos para ejecutar muchos comandos, así que dependiendo de que comandos quieras ejecutar tal vez tengas que "cambiar" de usuario por un instante para ejecutar tus comandos con otro comando tipo "sudo" o simlar (dependiendo del S.O. y permisos que tengas para hacer esto).
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Ahora, si tu quieres usar PHP para conectarte a otro servidor vía SSH (o incluso a si mismo pero vía SSH) .. tendrás que hacerlo (supongo) por sockets (
www.php.net/fsockopen) o con las librerías cURL (
www.php.net/curl) e implementando todo el protocolo SSH que necesites por médio ...
Un saludo,