El "exec()" o el "system()" o la función que uses debe ejecutarse en el servidor "linux" .. si tu haces tus pruebas en un servidor windows .. los comandos no serán los mismos .. de hecho en linux (salvo XP pro, Windows Server 2000, 2003 y poco mas) no gestionana usuarios y permisos ...
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Fijate bien como se usa system() (
www.php.net/sytem)
Su sintax es:
string system ( string command [, int &return_var])
y ejemplos tienes ahí mismo ...
Un saludo,